La Faculté est organisée en départements et en instituts.
Les trois départements correspondent chacun à une des trois disciplines essentielles des Sciences Historiques :
- l’archéologie,
- l’histoire,
- l’histoire de l’art.
Les départements regroupent l’ensemble des enseignants concernés, et ont pour mission de coordonner l’enseignement en licence et en master.
Les quinze instituts correspondent à un champ disciplinaire plus précis. Leurs noms mettent en valeur les spécificités de l’enseignement et de la recherche en sciences historiques à Strasbourg.